首先是俄国，以《北京条约》中关于勘分西北疆界的规定，和清政府在塔城谈判，使用蒙骗和威胁手段，把侵略条款强加于中国。同治三年（）签订的《中俄勘分西北界约记》，割去了巴尔喀什湖以东约四十四万平方公里的中国领土。

同治四年，浩罕汗国（年被沙俄吞并）的军官阿古柏在英国支持下，利用新疆混乱的局势，侵占南疆，建国称汗。十年，俄国以清朝不能安辑地方为名，出兵侵入伊犁，名为“代管”而久占不去。光绪初，左宗棠率兵进入新疆，阿古柏战败自杀。

光绪三年（），清军收复南疆。清朝派崇厚往俄国，索还“代管”的伊犁。俄国玩弄花招，勒索更多的权利，崇厚受欺弄擅自签约，舆论大哗。清廷改派曾纪泽前往俄国，要求改约。光绪七年签订《伊犁条约》，虽索回了伊犁并稍稍争回了一些利益，但中国丧失的领土仍达七万平方公里之多。清政府收复新疆后，招集流亡，兴修水利，奖励耕垦，努力治愈长期战乱的创伤。光绪十年建立行省，与内地行政制度统一起来。

当时日本明治维新刚刚发端，即效法西方殖民主义，对中国进行侵略。同治十三年，以琉球人被台湾士人所杀为借口，派兵在台湾登陆，对清政府勒索讹诈。清廷妥协退让，赔款乞求日本撤兵。为了保卫海疆，光绪十一年台湾建为行省，这一措施促进了台湾政治、经济和防务的发展。但十年后中日甲午战争中国失败，台湾又被日本所攫夺。

英国和法国则为争先打开中国西南的门户而进行争夺。英国为了打通缅甸至云南的通道，派遣近两百人的探险队，持枪执械，闯入云南，遭到当地民众的反抗，英国译员马嘉理被杀。英国公使借机勒索，态度蛮横，提出许多无理要求，并出动军舰，以战争相威胁，迫使清政府于光绪二年签订《烟台条约》。条约除了赔款、道歉、开放云南边境贸易外，还涉及税务、外交特权以及准许英人进入西藏的条款。英国据此而组织武装力量入藏。光绪十四年，英军进入西藏边境，西藏军民奋力抗击侵略军，但清政府极力妥协，与英国签约议和，为英国势力的入藏提供了便利。

被与侵略中国边疆地区的同时，外国侵略势力还以不平等条约为口实，极力扩大在中国的种种特权，并企图从各方面对清政府施加影响。根据条约中外国使馆长期驻京的条款，许多国家的公使聚居在紫禁城边，对清政府颐指气使，施加压力。上海、天津、汉口、九江等处先后开辟租界，侵略者在那里划地界，修道路，设官署，颁法令，建货栈，使中国的土地上出现了许多独立于清政府管辖之外的殖民主义小王国。挂着外国旗子的轮船满载着舶来的商品闯关越卡，免除厘税，行驶在中国的内河。外国传教士纷纷活动，深入中国的穷乡僻壤。侵略势力希望利用清政府帮助自己掠夺更多的权利，镇压人民的反抗，所以在两次鸦片战争后，转而对清政府采取庇护、“合作”的政策。一方面，要求清政府在制度、政策方面作适当的修改变化，以适应外国的侵略需要另一方面，向清政府提供武器，竭力支持这一腐朽政权。

列强改变和控制清政权的一个重要步骤，就是咸丰十一年总理各国事务衙门的设立。奕?任总理大臣，管理对外交涉兼及通商、条约、海军、关税和铁路、开矿等事，权力广泛。同时，又设立了南北洋通商大臣。从此，列强可以甩开地方官吏层层的拖延、阻挠，直接和清朝的最高层打交道。洋务派官僚即产生于这些新设立的衙门。

同治十三年，皇帝亲政，在列强的压力下，不得不以平等礼节接受各国公使的觐见，放弃了要求外国来使必须向中国皇帝跪拜叩头的礼仪。同时，也开始向外国派遣使节。马嘉理案件发生以后，光绪二年郭嵩焘作为道歉的专使前往英国，此后常驻伦敦，成为中国第一个驻外公使。以后陆续在欧美各国设立使馆，派遣公使。清政府在倍感屈辱、很不情愿的情况下，勉强参加国际社会交往，进行外交活动。

外国侵略者攫取中国主权的一个重要手段，就是长期控制中国的海关。海关总税务司一职一直由英国人赫德担任，各口岸的海关税务司全部任用外国人。海关大权旁落，为外国商品的倾销和人员的出入打开了方便之门。由于进出口贸易急剧增加，关税收入大增。清政府在财政穷竭、常年入不敷出的情况下，有外国人管理的海关提供经常的、有保证的财源，因此越来越仰赖帝国主义。赫德对清政府的影响很大，许多重要对外交涉由他操纵，甚至直接干预清朝的内政和官吏任免。