可惜《古文尚书》及《尚书孔氏传》在西晋永嘉之乱后全都亡佚，今传《古文尚书》及《尚书孔氏传》经清代儒生考证，皆为伪作。

孔安国曾是司马迁的古文经学老师，司马迁研究《尧典》《禹贡》等古文时，曾向他请教，后世尊其为先儒。东晋葛洪《抱朴子·内篇·至理》中载有《孔安国秘记》一书，并引述其讲述张良得法成仙一事。《孔安国秘记》一书应是托名之作，但可以看出，魏晋时，孔安国与神仙修炼有关的传说流传已比较广泛。

孔安国者，鲁人也 (1) 。常行气服铅丹 (2) ，年二百岁，色如童子。隐潜山 (3) ，弟子随之数百人。

每断谷入室 (4) ，一年半复出，益少。其不入室，则饮食如常，与世人无异。

安国为人沉重 (5) ，尤宝惜道要，不肯轻传，其奉事者，五、六年，审其为人志性，乃传之。